I musei del dipartimento ospitano un importante patrimonio di reperti ed esemplari, che può essere apprezzato dal pubblico tramite visite e visite guidate.

Il Museo di Antropologia Giuseppe Sergi conserva circa 6.000 resti scheletrici umani di età preistorica, protostorica e recente, resti di primati non umani, le collezioni degli strumenti antropologici e dei modelli facciali in gesso, e una preziosa collezione di calchi delle varie specie di Preominidi ed Ominidi. I due crani neanderthaliani di Saccopastore (Roma, 120.000 anni fa) e lo scheletro neolitico abruzzese di Fonterossi (circa 5.000 anni fa) sono tra i reperti di maggior pregio.

Il Museo Erbario conserva oltre un milione di esemplari botanici e due collezioni scientificamente e storicamente importanti: l'Hortus Nereidum, una raccolta prelinneana di 592 tavole di valore scientifico ed estetico, e le Collezioni crittogamiche di Giuseppe De Notaris (1805-1877) che includono numerosi esemplari tipo di nuove entità vegetali, accompagnati da descrizioni dettagliate e disegni di strutture microscopiche .

L'Orto Botanico, oltre a ospitare più di 2500 specie vegetali provenienti da tutto il mondo, è caratterizzato anche da elementi architettonici di notevole interesse storico-artistico, come le settecentesche  Fontana dei Tritoni e Scalinata delle Undici fontane, quest'ultima concepita come fondale prospettico dell’intero parco, e le tre serre storiche: Serra Corsini, Serra Francese e Serra Monumentale.