La biblioteca del dipartimento di Biologia ambientale conserva un importante patrimonio culturale, con circa 60.000 documenti e alcuni importanti Fondi:
- Il Fondo Antico, con 1237 esemplari antichi e rari
- Il Fondo De Notaris, composto da 359 libri e 509 opuscoli raccolti dal grande botanico Giuseppe De Notaris nel corso della sua vita
- Il Fondo Pignatti, una ricca collezione personale di monografie, fascicoli di periodico, estratti, opuscoli, fogli di schede, tabelle, corrispondenze realizzata dal Prof. Sandro Pignatti dal 1955 ad oggi
- Il Fondo IsItA
"Guardando la biblioteca che fu di un grande studioso, ci assilla la domanda che cosa da quelle migliaia di volumi sia filtrato nella personalità intellettuale di lui e abbia contribuito a formarla. E’ disperante solo tentare di mettersi alla ricerca delle fonti dei pensieri umani: le influenze più profonde sono forse le meno evidenti. A ogni modo quei volumi racchiudono il segreto di un colloquio appassionato durato una vita intera: anche questo ce li fa degni di rispetto”.
F. Barberi citato in M. Guerrini, De bibliothecariis, Firenze, Firenze University Press, 2017, p. 94.