In accordo con il regolamento del dipartimento e con lo statuto di Sapienza Università di Roma, il governo del dipartimento di Biologia ambientale è formato da: Direttore/Direttrice, Giunta e Consiglio di dipartimento.

Sono inoltre presenti il Responsabile Amministrativo Delegato  (RAD), i referenti e le referenti per la didattica, la ricerca e l'informatica, i referenti e le referenti  locale per la sicurezza, il/la direttore/direttrice della biblioteca e i consigli di Area Didattica (CAD).

Il/la direttore/direttrice rappresenta la struttura a ogni effetto di legge e ne garantisce autonomia e unità culturale. Nella gestione delle attività del dipartimento, Il/la direttore/direttrice è coadiuvato dal RAD, che è responsabile della segreteria amministrativa e coordina le attività amministrativo-contabili.